חבר סגל בבית הספר לרפואת שיניים באוניברסיטת תל אביב.
משנת 1973- שימש שנים רבות כמנהל מעבדות המחקר של ביה"ס באוניברסיטת ת"א.
1987-1991 כיהן כראש ביה"ס לרפואת שיניים באוניברסיטת ת"א.
פרופסור חבר לביולגיה אוראלית ופרופסור מן המניין לאנדודונטולוגיה (מדעי טיפול השורש).
עד לאחרונה שימש כראש המחלקה לאנדודונטולוגיה וכראש תכנית ההתמחות באנדודונטיה (טיפולי שורש) באוניברסיטת תל אביב.
במקביל פרופ' מצגר מעורב בפיתוחם של מכשירים חדישים ושיטות טיפול חדשניות בתחום טיפולי השורש.